宇宙から現れたナノマシンが主要国の兵器に侵入し、無差別攻撃を受けて特殊戦闘部隊『ストライカーズ』が半世紀に出動する内容です。
操作方式は８方向レバー＋２ボタン方式、メインショット発射と緊急回避のボムで構成されてますが、一定時間メインショットをチャージすると特殊攻撃を放つ仕組みになってます。
使用できる戦闘機は、F-4ファントムII、F/A-18スーパーホーネット、F-22ラプター、F-117ナイトホーク、AV-8ハリアー、隠し機種のX-36の計６機種。
X-36のみ、選択画面の端にある『？』に合わせてレバー入力すると出現します。
敵弾に触れると１ミスですが、敵との接触した場合はパワーショットが１レベルダウンという特殊制度が図られており、残機ゼロでゲームオーバー。
全８ステージ構成による２周エンド制度です。
彩京の看板作となった『ストライカーズ1945』シリーズ、前作までは第二次世界大戦の終結後に前々作において壊滅させたC.A.N.YによるデータがFDRという組織に奪われてしまい、実戦配備されなかった兵器類で、再び世界を混乱させようと計画を阻止するためにストライカーズが立ち上がったという物語でしたが、今作は第二次世界大戦から終結してから半世紀経過してからの物語になっています。
兵器類も現代的なモノになり、敵ボスは近未来的なモノへと進化を遂げてますが、この作品で最大のポイントととなるのがテクニカルショットと呼ばれるショットシステム。
テクニカルショットとは、敵ボスが僅かながらの時間に青コアを露出するのですが、そこにスペシャルショットをぶち込んで破壊すれば瞬殺できるというシステムになっています。
しかし、今作は前作、前々作みたいに一筋縄で１面クリアできるレベルでないのが特徴で、最初から殺す気満々の弾幕ラッシュであるため、特に出だしは低速だが、突然高速弾に変化する『彩京弾』と呼ばれるシステムがかなり嫌らしくなり、さらにX-36以外の機体バランスもあまりお世辞とは言い難い性能になってしまったのも事実で、プレイする人も限られてしまい、最終的にファンから逃げられてしまったと考えられますね。
これは、ストライカーズ1999に限った話ではなく、昔からゲーム業界でやらかしてるパターンであり、コナミのスクランブルのバージョンアップ版のスーパーコブラ、AC版のグラディウスIII、ナムコはアーケード版ゼビウスのスーパーゼビウス、ゼビウス・アレンジメント、ゼビウス3D/G、タイトーはマスター・オブ・ウェポン、NMKはP-47 ACESも開幕から発狂クラスで、狙いはインカム（売上）狙いの難易度であり、熟練者でも攻略するまでかなり時間を費やした方もいました。
話はストライカーズ1999に戻りますが、自分も上大岡のジアスにストライカーズ1999が入った時はスゴく喜び、同時にあのソニックウィングス以来の現代戦STGだったのですが、
「初っ端から難しすぎる。」と見事に絶望の底へ叩きつけられました。
ゲームバランスも最初からクリアさせる気ないのではと疑うぐらいですし、ネオジオにリリースしたストライカーズ1945プラスは低速ながら弾幕ラッシュが激しいのに、1945プラスをさらに凶悪にしてしまい、さらに機体バランスも酷すぎるという具合でしたからね。
残念ながら、家庭用への移植やWiiや3DS等のバーチャルコンソール等のされてないですが、エミュだと海外版タイトルになって稼動してる店もありますけど、こちらもあまり数的に見ないレベルになります。