実際のプロ野球のパロディ風にアレンジした12球団とコナミオリジナル２球団から１球団を選んで勝ち進んでいきます。
操作方式は他の野球ゲーと同じなので割愛。（←いい加減だな。）
選択できる球場は東京ドーム、甲子園球場、アメリカンスタジアムの３球場でデーゲームとナイトゲームが選択可能で、こちらもナムコのファミスタシリーズで採用されてるコールドプレイ制度があります。
近年のコナミの野球ゲーといえば、実況パワフルプロ野球シリーズが基本になってましたが、この時は野球ゲーの定番がファミスタが定番であった時代でしたが、このがんばれ！ペナントレースはファミスタと差別化を図るために、試合後に勝つボーナスで球団運営をしていく『ペナントレースモード』と『エキサイティングモード』が追加されており、運営資金を貯めながら優勝へ目指すという変わったシステムを導入されてます。
今のパワプロシリーズでは見られないシステムですね。
しかし、ゲームバランス的にファミスタよりかなり凶悪なレベルであり、意外なシビアさで泣かされ、ホームランかとおもいきやエンタイトル２ベースだったり、フライもかなりスピードが速かったりとファミスタより先行的なスピードが要求されるので、ファミスタと同じパターンで勝とうとすると意外に泣かされる事もあります。
当時のコナミはスポーツゲームによる力の入れ方があまり入っている感じでなく、X68000用の野球ゲーを数作ぐらいでしたし、唯一力を入れてたとなれば、ハイパーオリンピックシリーズ程度で、このゲームが発売される前年にソウルオリンピックを題材にした『コナミックスポーツINソウル』が出てましたが、それでもマイナー寄りにいってしまった感じが強いですね。
この年のコナミは、グラディウスやツインビー、悪魔城ドラキュラ、がんばれ！ゴエモンシリーズが結構力を入れてましたから、かなり偏りが激しいのは今のコナミとほぼ変わらずで、90年代はときメモ、90年後期から2000年前半はビーマニことビートマニアと流れ、今のコナミはビーマニ以外のゲーム作品の数的に限られてしまい、いつの間にか完全にスポーツ関係企業に力を注いでしまっては、ゲームメーカー離れを起こしており、メタルギアの小島監督も離れてしまう程になってるのは残念極まりないとおもいます。
話はがんばれ！ペナントレースに戻しますが、今のパワプロシリーズのノウハウを活かし、CPUレベルも極端過ぎな味付けがなかったら良作になりかけてたんじゃないかとおもいますが、こだわりが強いコナミでしたから、仕方がないといってもいいのかと。